В отличие от своего знаменитого отца Андрея Кончаловского, который был женат пять раз, Егор в ЗАГС никогда не спешил. На протяжении двадцати лет режиссер был в отношениях с актрисой Любовью Толкалиной, которая в 2001 году родила ему дочь Машу. Однако даже этот факт не заставил их вступить в официальный брак.